Es waren vier Freunde der Seemannslieder, die den Verein am 1.
September 1972 ins Leben gerufen haben. Die Gruppe um Hans Thurnhofer,
der als Vorstand bestellt wurde, schlossen sich bald mehrere
Sänger an, bis es im Sommer 1973 zum ersten Auftritt kam.
Anlass war damals die Einweihung des neuen Bootshafen in Obernzell.
Zum einjährigen Vereinsjubiläum folgte ein Bordfest, unterstützt von auswärtigen Gästen, wobei der bekannte Matrosenchor München, bei dem Hans Thurnhofer lange Zeit als Sänger fungierte, Pate stand. Weitere Auftritte folgten, wobei der Chor durch ganz Bayern reiste.
Ein weiterer Höhepunkt in der Vereinsgeschichte war die Teilnahme am ersten Wettsingen der Marine-Shanty-Chöre im Oktober 1977 in Lahnstein, wo der Vilshofener Chor unter zwölf Mitstreitern aus dem ganzen Bundesgebiet einen hervorragenden fünften Platz erzielte. Beim zweiten Wettsingen 1979, diesmal durchgeführt in Bielefeld, errang der Chor unter fünfzehn Bewerbern einen beachtlichen sechsten Platz.
Einen schweren Schicksalsschlag musste der Seemannschor nach dem allzu frühen Tod seines Gründers und Leiter des Vereines Hans Thurnhofer im Mai 1985 hinnehmen. Rudi Rieger wurde zum neuen Vereinsvorstand gewählt.
Mit dem am 2. März 1988 beigetretenen neuen Mitglied Dipl. Ing. Rainer Doliwa wurde ein engagierter Chorleiter gefunden und somit der Dirigentenstab wieder in feste Hände gegeben.
Das 25jährige Bestehen feierte der Verein mit einem Gottesdienst und anschließendem Freundschaftssingen am 12. Oktober 1997.
Da zu den Männerchören kaum neue Sänger hinzukommen, ist der Seemannschor mit den Musikfreunden Aldersbach im März 2001 in eine engere Zusammenarbeit eingegangen. Einige Sänger der Chöre nehmen an den Proben des anderen teil, um sich bei Auftritten zu unterstützen.
Zur Jahreshauptversammlung am 27. Oktober 2001 fand ein größerer Wechsel in der Vorstandschaft statt. Rudi Rieger gab das Amt des 1. Vorsitzenden ab, Dipl. Ing. Doliwa legte aus beruflichen Gründen den Dirigentenstab nieder. Zum 1. Vorsitzenden wurde Andreas Grubauer gewählt, Chorleitung übernahm Gustl Spieleder und der Instrumentalist Gust Hofbauer. Bei Auftritten dirigiert Gustl Spieleder.
Die 30jahrfeier am 28. September 2002 begann mit einer Uraufführung der Halbmeilemesse in der Stadtpfarrkirche in Vilshofen, in Begleitung der Hammerschmidmusik Neustift. Anschließend fand ein Freundschaftssingen mit Chören aus dem Stadtbereich und der näheren Umgebung statt.
Ein Höhepunkt zum Jahresbeginn 2004 war ein abendfüllender Auftritt im Riedenburger Schlossgarten. Bei der Jahreshauptversammlung mit Neuwahlen wurde die alte Vorstandschaft weiter verpflichtet.
Im Jahr 2006 übernahm der Seemanns-Chor Vilshofen die Aufgabe, das 75-Jährige Gründungsjubiläum des Geflügelzuchtverein Vilshofen zu gestalten. Aus diesem Anlass wurde mit Begleitung der Hofkirchner Stubnmusi in der Stadtpfarrkirche die Waldler-Messe gesungen.
Zusammen mit dem Männergesangverein Harmonie Vilshofen veranstaltete der Seemannschor 2007 ein Benefizkonzert zu Gunsten einer Typisierungsaktion für die erkrankten Anna und Maxi.
In der Jahreshauptversammlung mit Neuwahl 2010 wurde als neuer zweiter Vorsitzender Richard Leitl gewählt.
Im Sommer 2010 umrahmte der Seemannschor die Einweihung des neuen Bootshafens des Bootsportvereins in Vilshofen, deren Höhepunkt für die Sänger die Gestaltung des ökomenischen Feldgottesdienstes mit besinnlichen Seemannsliedern darstellte.
Der Seemannschor besteht zur Zeit aus 51 Mitgliedern, davon sind 17 aktive Sänger sowie die Instrumentalisten Gust Hofbauer und Hans Rader.